"Un faible nombre de cas doit être notre objectif"
Tanja Stadler, professeure d'évolution computationnelle à l'ETH, travaille en première ligne dans la lutte contre le coronavirus. Depuis peu, elle dirige le groupe de données et de modélisation au sein de la Swiss National COVID-19 Science Task Force, qui se penche notamment sur les nouvelles variantes du Sras-CoV-2.
Actualités ETH : A quelle vitesse les deux nouvelles variantes d'Afrique du Sud et d'Angleterre se propagent-elles actuellement en Suisse ?
Tanja Stadler : La variante 501Y.V2, qui a été la première à appara?tre en Afrique du Sud, n'a été détectée jusqu'à présent que de manière isolée dans des échantillons. B 1.1.7 - la variante venue de Grande-Bretagne - représentait environ 10 pour cent de tous les cas confirmés en Suisse au cours de la troisième semaine de janvier. Dans certaines régions, nous avons des indices d'une proportion encore plus élevée.
Cela vous inquiète-t-il ?
La situation correspond à ce que nous attendions sur la base des données du Royaume-Uni. La fréquence relative de B 1.1.7 augmente en Suisse parce que cette variante a un avantage de transmission. La grande question est maintenant de savoir si le nombre absolu de contaminations par B 1.1.7 augmente également. Actuellement, nous constatons un doublement chaque semaine - de 700 cas dans la deuxième semaine de janvier à 1300 dans la troisième. Dans les prochains jours, nous devrions voir dans les données si les nouvelles mesures prises le 18 janvier ont eu l'effet escompté.
Comment les deux variantes influencent-elles la valeur R ? Les deux variantes font-elles grimper celle-ci en flèche ?
Comme la part des contaminations par la nouvelle variante est actuellement d'environ 10 pour cent, la valeur R est pour l'instant encore dominée par les variantes connues. Mais lorsque les contaminations par les nouvelles variantes se situeront dans la moyenne des deux chiffres, nous verrons fortement leur impact sur la valeur R.
Et quand cela se produira-t-il ?
Nous pensons qu'en mars, B 1.1.7 sera la variante dominante.
"Un nombre de cas plus faible signifie qu'il y a moins de virus en circulation et donc moins de chances que le SRAS-CoV-2 développe des variantes qui rendent le vaccin moins efficace".Tanja Stadler
Avons-nous une chance de freiner les deux variantes ?
Pour B 1.1.7, toutes les données indiquent que cette variante présente un avantage de transmission. Sans mesures ciblées, comme par exemple un suivi intensif des contacts dans les cas imputables à B 1.1.7, cette variante continuera donc à augmenter en fréquence relative. Nous devons toutefois être réalistes : Le suivi ciblé des contacts pendant les vacances de No?l, à un moment où peu de cas étaient encore connus, n'a pas permis de stopper la propagation.
Y a-t-il d'autres variantes qui vous inquiètent ?
Malheureusement, oui. Le 501Y.V3 a été caractérisé au Brésil. Cette variante se propage rapidement au Brésil dans des régions où de nombreuses personnes étaient déjà infectées auparavant. Les analyses de laboratoire indiquent que la réponse immunitaire des personnes déjà infectées n'est plus aussi efficace. Cela signifierait que le risque de réinfection par le SRAS-CoV-2 pourrait être plus élevé.
Pourquoi des variantes apparaissent-elles soudainement maintenant, alors qu'elles sont décisives pour les événements épidémiologiques ?
Des variantes apparaissent toujours - le virus mute en moyenne toutes les deux semaines. Et plus il y a de virus qui circulent globalement, plus il y a de variantes. Ce qui nous intéresse : Des variantes avec de nouvelles propriétés apparaissent-elles ? Nous nous intéressons en particulier aux variantes dont la probabilité de transmission est modifiée, aux variantes qui modifient l'évolution de la maladie et aux variantes qui affaiblissent une réponse immunitaire en raison d'une infection ou d'une vaccination antérieure.
Quel est le r?le du monitoring dans ce contexte ?
C'est absolument central, car c'est le seul moyen pour nous de détecter rapidement de nouvelles variantes. C'est extrêmement important, surtout pendant la phase de vaccination : nous devons identifier très rapidement les variantes pour lesquelles l'efficacité de la vaccination pourrait être réduite. De mars à novembre 2020, nous avons séquencé environ 100 échantillons par semaine. Cela représentait 3 à 7% de tous les cas en été. Mais pendant la deuxième vague, les nouvelles infections ont augmenté si rapidement que ce pourcentage a chuté en conséquence. Depuis les fêtes de No?l, nous avons augmenté la capacité à environ 1000 échantillons par semaine. Les collaborateurs de l'ETH ont fait preuve ici d'un engagement fantastique et ont travaillé sous pression au laboratoire et à l'ordinateur portable pendant les jours fériés !
La vaccination a-t-elle une influence sur la formation de nouveaux variants ?
Chaque intervention - et c'est le cas d'une vaccination - entra?ne une pression de sélection supplémentaire sur le virus. Nous le voyons par exemple avec la grippe saisonnière : elle échappe chaque année à notre réponse immunitaire. Ou chez les bactéries : Elles deviennent résistantes aux antibiotiques. C'est ainsi que le Sras-CoV-2 continuera à se développer.
Actuellement, le nombre de cas diminue, qu'est-ce que cela signifie pour la vaccination ?
Un faible nombre de cas présente de nombreux avantages - je ne peux pas tous les énumérer ici, mais je réponds à la question en ce qui concerne la vaccination : le personnel de santé est moins occupé par les cas Covid, il est lui-même en bonne santé et peut également être engagé dans des campagnes de vaccination. Une grande partie de la population est en bonne santé et peut être vaccinée. Les malades ne peuvent pas être vaccinés. De plus, un faible nombre de cas signifie que moins de virus circulent et que le SRAS-CoV-2 a donc moins de chances de développer des variantes qui rendraient la vaccination moins efficace. Un faible nombre de cas doit être notre objectif.
Session à l'AAAS
Tanja Stadler participe avec le Dr Michael Osterholm - qui était membre de la task force Covid de l'équipe de transition du président américain Biden - et le professeur Linfa Wang, du centre médical Duke-NUS de Singapour, à la réunion annuelle 2021 de l'American Association for the Advancement of Science (AAAS), dans une session intitulée "An Epidemiological Blueprint for Understanding the Dynamics of a Pandemic". La session portera entre autres sur les outils technologiques que les chercheurs ont développés pour décoder et analyser le code génétique du SRAS-CoV-2. Les experts et expertes discuteront de la transmission des virus des chauves-souris à l'homme et d'une approche coordonnée au niveau international dans la lutte contre les agents pathogènes.